Науковці створили з нуля цистеїнові протеази
Дослідники розробили з нуля цистеїнові протеази — ферменти, здатні розщеплювати білки. Робота описує обчислювальний підхід до створення цих ферментів та експериментальну перевірку відібраних конструкцій, повідомляє Nature.
Цистеїнові протеази використовують амінокислоту цистеїн у каталізі розриву пептидних зв’язків. У роботі автори поєднали модель RFD2-MI, систему проєктування амінокислотних послідовностей ProteinMPNN і AlphaFold 3 для відбору конструкцій. Під час оптимізації зберігали геометрію каталітичного центру ферменту.
Науковці очистили та проаналізували 69 створених варіантів протеаз. Частина конструкцій продемонструвала активність із розщеплення цільового білка. Продукти розщеплення перевіряли методом рідинної хроматографії з мас-спектрометрією; аналіз підтвердив розрізання в запроєктованому місці.
Для перевірки механізму автори замінювали ключові амінокислотні залишки в активному центрі: цистеїн, гістидин і залишок, що формує оксіаніонну діру — аспарагін або глутамін. Такі заміни застосували для оцінки внутрішньомолекулярного розщеплення та ролі каталізаторних компонентів.
У дослідженні також визначили та проаналізували кристалічні структури спроєктованих білків. Їхні атомні координати й структурні фактори передали до Protein Data Bank під кодами 9YNL, 9YNM, 9YOX, 9YOY, 9YOZ і 9YP0. Автори оприлюднили код для обчислювального проєктування, аналізу біохімічних даних та зображень клітин ссавців.
Серед авторів роботи — дослідники Університету Вашингтона, Інституту дизайну білків, Стенфордського університету, Оксфордського університету, Кембриджського університету, Імперського коледжу Лондона та ETH Zurich. Кореспондентами статті зазначені Дональд Гілверт, Семюел Джей Пеллок і Девід Бейкер.
- Останні
- Популярні
Новини по днях
15 жовтня 2026
